Часовня с гробом Богородицы - мраморная кувуклия, по размерам всего около 2х2 м, имеет два входа, один с запада, второй с севера. Обычно паломники заходят в западный а выходят через северный вход. За кувуклией, в восточной части храма, находится чудотворная и почитаемая Иерусалимская икона Божией Матери русского письма, которая помещена в киот из розового мрамора. Слева от нее, у стены, расположен православный жертвенник. С южной стороны кувуклии устроена небольшая молельня для мусульман, также почитающих Деву Марию.
Каменное ложе, на котором три дня покоилось Непорочное Тело, служит и поныне престолом для совершения ежедневной Божественной Литургии.
Церковь имеет по меньшей мере девять престолов и в настоящее время время в ней совершают богослужения все христианские конфессии кроме католиков и протестантов:
• Православный престол (главный) — внутри кувуклии, непосредственно над ложем Божией Матери, на высоте чуть более полуметра над ним. С недавних пор армяне также получили право совершать на нем службу. Над престолом висят лампады.
• Православный придел святых Иоакима и Анны — справа при спуске по лестнице, на 23-й ступени. Здесь погребена королева Мелисанда, о чем свидетельствует надпись на вмурованной в пол каменной плите.
• Православный престол в честь святого Иоакима — у восточной стены придела. По преданию он похоронен под этим престолом.
• Православный престол в честь святой Анны — у северной стены придела. По преданию она похоронена под этим престолом.
• Армянский придел праведного Иосифа Обручника — слева при спуске, примерно в середине лестницы, с 1814 года принадлежит армянам.
• Армянский престол в честь праведного Иосифа Обручника — по преданию он погребен под этим престолом.
• Православный престол в честь святого первомученика Стефана — сразу при сходе с лестницы на правой стороне у стены.
• Православный престол в честь святого Николая (вероятнее всего Николая Чудотворца) — в северной части храма.
• Армянский престол — пристроен снаружи к западной стене кувуклии, слева от входа в нее.
• Сиро-яковитский престол — около северного выхода из кувуклии, в особом небольшом приделе.
• Коптский престол — в западной части церкви.
В начале XII века паломник игумен Даниил впервые описал гробницу Богородицы на русском языке в сочинении «Житие и хождение игумена Даниила из русской земли»:
«Расположен гроб святой Богородицы на ровном месте: была высечена в камне небольшая пещерка с маленькими дверьми, чтобы мог, наклонясь, войти человек; а в глубине той пещеры, напротив дверец, как бы скамья высечена в том же пещерном камне, — на той скамье и было положено тело Пречистой Владычицы нашей Богородицы, и оттуда же взято было в рай, оставаясь нетленным. По высоте пещерка та повыше человеческого роста, а в ширину четыре локтя и так и так; снаружи она, как терем, красиво отделана мраморными плитами. А сверху над гробом святой Богородицы была выстроена очень большая клетская церковь во имя святой Богородицы Успения; ныне же разорено погаными то место. Расположен гроб святой Богородицы внизу под великим алтарем этой церкви.»